Nadat tijdens een analyse de binnen- en tussenvariantie zijn berekend, moeten ze met elkaar worden vergeleken. Hoe gaat dit precies in zijn werk? We hebben al opgemerkt dat de binnenvariantie een zuivere schatter van de populatievariantie is. Nu kan worden aangetoond dat ook de tussenvariantie een zuivere schatter van de populatievariantie is, als alle populatiegemiddelden aan elkaar gelijk zijn. Zijn niet alle populatiegemiddelden aan elkaar gelijk, dan geeft de tussenvariantie een overschatting.